A biocenose refere-se à totalidade de todos os organismos vivos, especialmente microrganismos, que vivem juntos e interagem num ecossistema ou sistema tecnológico específico. No tratamento biológico de águas residuais ou em biofiltros, a biocenose é decisiva para o desempenho do sistema, uma vez que os microrganismos decompõem os poluentes através dos seus processos metabólicos. A composição e o equilíbrio da biocinese influenciam significativamente a eficiência dos processos de degradação biológica nas estações de tratamento de água e de águas residuais.