La biocenosis se refiere a la totalidad de todos los organismos vivos, especialmente microorganismos, que conviven e interactúan en un ecosistema o sistema tecnológico específico. En el tratamiento biológico de aguas residuales o en biofiltros, la biocinosis es decisiva para el rendimiento del sistema, ya que los microorganismos descomponen los contaminantes mediante sus procesos metabólicos. La composición y el equilibrio de la biocinosis influyen significativamente en la eficacia de los procesos de degradación biológica en las plantas de tratamiento de aguas y aguas residuales.