Biocenoza odnosi się do ogółu wszystkich żywych organizmów, zwłaszcza mikroorganizmów, które żyją razem i współdziałają w określonym ekosystemie lub systemie technologicznym. W biologicznym oczyszczaniu ścieków lub w biofiltrach biocenoza ma decydujące znaczenie dla wydajności systemu, ponieważ mikroorganizmy rozkładają zanieczyszczenia poprzez swoje procesy metaboliczne. Skład i równowaga biocenozy znacząco wpływają na wydajność procesów degradacji biologicznej w oczyszczalniach wody i ścieków.